به گزارش مشرق، شهید آوینی در آثار خود امام خمینی را نه تنها به عنوان یک رهبر سیاسی، بلکه به مثابه تجلی "دست خدا بر زمین"، منجی حیات باطنی انسان و پایه‌گذار تمدنی نوین توصیف می‌کند. این تجلی را می‌توان در ابعاد زیر تحلیل کرد:
۱. تحول وجودی و پیوند عرفانی
اتصال تقدسی: آوینی در نامه‌ای به برادرش (۱۳۵۸) تصریح می‌کند: «ما به امام خمینی پیوستیم... او دست خداست بر زمین؛ هنگامی که دست محبتش را بر سر شیفتگانش بالا می‌آورد، سایه‌اش زمین و آسمان را می‌پوشاند»
این توصیف، امام را در جایگاه تمثیل انبیا (قهر موسی، لطف عیسی، آرامش محمد (ص)) قرار می‌دهد و نشان‌دهنده‌ی اتحاد وجودی آوینی با ایشان است.
تصرف روحانی: به گفته شهریار زرشناس، آوینی بارها تأکید می‌کرد: «امام خمینی در من تصرف کرد»
این تغییر تنها سیاسی نبود، بلکه تحول معرفتی و اعتقادی از یک روشنفکر آتئیست به مردی عارف‌مسلک بود که با "انقلاب انفسی" امام شکل گرفت.
۲. تدوین منظومه‌ی فکری امام در حوزه‌ی جنگ و جهاد
آوینی به عنوان یکی از اعضای مهم گروه جنگ و جهاد تلویزیون با محوریت سه اصل:
۱. جمع‌آوری بیانات امام بدون پیش‌داوری
۲. تبیین مبانی مبارزاتی و دفاعی
۳. مطابقت مفهومی جنگ با فرایض دینی
آثاری بنیادین خلق کرد.
۳. تفسیر هنر به مثابه تجلی گاه عرفان امام
هنر عدالت‌خواهانه: آوینی تحت تأثیر تعریف امام از هنر به عنوان: «ترسیمِ روشن عدالت و شرافت و انصاف، و تجسیم تلخکامی گرسنگانِ مغضوبِ قدرت و پول» یاد می‌کرد.
آوینی پروژه‌ی مستند "روایت فتح" را خلق کرد. این اثر نه گزارش جنگ، بلکه زیست‌نامه‌ی عرفانی رزمندگان بود.
عبور از متافیزیک غرب: در کتاب‌های متأخر مانند "فردایی دیگر" و "رستاخیز جان"، آوینی با الهام از امام، تفکر شاعرانه را جایگزین فلسفه‌ی غربی کرد. او معتقد بود: «فقط با تفکر شاعرانه می‌توان از نیهیلیسم مدرن رهایی یافت»
۴. امام به مثابه راه‌گشای حیات باطنی
احیای سنت اصیل: در آخرین یادداشت ناتمامش (پنج روز پیش از شهادت) بر "مفهوم سنت در اسلام" تمرکز کرد و پرسید: «آیا انسان بدون اتکا به امر متعالی می‌تواند به سعادت برسد؟» پاسخ او با الهام از امام، اتصال به حقیقت قدسی بود.
کتاب "امام و حیات باطنی انسان": این اثر شامل مقالاتی درباره‌ی بُعد عرفانی امام و سروده‌هایی مانند "روح نمازمان قبض شد" در سوگ ایشان است که فاجعه‌ی فقدان امام را ترسیم می‌کند.
۵. امام به عنوان تکیه‌گاه در انزوای پساجنگ
پس از رحلت امام و تحولات جهاد سازندگی، آوینی دچار انزوای عمیق شد. محمدعلی فارسی (مستندساز) روایت می‌کند: «مرتضی رفیق نداشت... همه می‌گفتند: این زمان جنگ یک کاری کرده، حالا هم فکر می‌کند می‌شود؟ حتی مسخره‌اش می‌کردند» در این دوره، تنها پناهگاه فکری او اندیشه‌های امام درباره‌ی استقامت و عدالت بود.
*امام به مثابه خورشید هدایت‌گر
برای آوینی، امام «خورشید»ی بود که حجاب‌های روشنفکری غربی را درنوردید و فرهنگ نوینی آفرید که: «دنیای تاریک را سراسر دربر خواهد گرفت»
این رابطه، الگویی است از پیوند عرفان، هنر و جهاد که در آثار آوینی تجسم یافت. به تعبیر علیرضا زادبر: «آوینی محصول تفکر و اندیشه حضرت امام است.»
