وزارت صمت، بانک مرکزی و گمرک سه نهاد مورد مناقشه میان دولت و فعالین اقتصادی هستند. فعالین اقتصادی معتقدند که این نهاد‌ها صرفاً فرآیند ترخیص را طولانی و پیچیده کرده و باعث زیان جدی به اقتصاد کشور شده‌اند. از سوی دیگر دپو کالا‌ها صرفاً به مصرف‌کننده‌هایی ضرر وارد می‌کند و واردکننده با استفاده از تورم، ارزش کالای خود را در انبار‌های ارزان قیمت گمرک، حفظ می‌کند.
امیر کشانی، رئیس اتاق بازرگانی اصفهان، درباره‌ی چالش‌های فعالین اقتصادی با گمرک و وزارت صمت به «انتخاب» گفت: گمرک فقط تصمیم گیر نیست، یک قسمت از مشکل دست وزارت صمت، جهاد و بانک مرکزی است. مشکل این است که فعال اقتصادی کالا را می‌آورد، بانک مرکزی همکاری نمی‌کند، گمرک مشکل ایجاد می‌کند، از آن طرف وزارت صمت همراهی نمی‌کند و هزار و یک مشکل درست می‌کنند که نتیجه‌ی آن دپوی حجم وسیعی از مواد در گمرک است. این کالا‌ها هم خطرناک‌اند، هم تورم ایجاد می‌کنند و هم خواب سرمایه دارد. شرکت‌های بزرگی که در کالا‌هایشان در گمرک می‌خوابد ناراحت نمی‌شوند چون تورم ارزش کالا‌هایشان را حفظ می‌کند اما دود این شرایط در چشم مردم می‌رود.
وی درباره‌ی راه حل عبور از چالش‌های فعلی گمرک بیان کرد: راه حل مشخص است، هر وقت کالایی آمد باید بار را آزاد کند. بانک مرکزی از فعال اقتصادی مدرک دارد و تعهدات لازم وجود دارد. نگهداری کالا‌ها در گمرکات خیلی خطرناک است و ممکن است ضرر بیشتری نسبت به سود فعال اقتصادی وارد کند. نهاد بانک باید به عنوان نهاد واسطه، روند ترخیص را تسهیل کند. تمامی فعالین اقتصادی کشور دچار این مشکل هستند و هیچ استانی نیست که در امان باشد. شاید تعجب کنید که 8 ماه طول می‌کشد تا کالا ترخیص شود. ما با هزار مشکل تحریم خارجی را دور می‌زنیم، بعد به تحریم داخلی برخورد می‌کنیم.
کشانی درباره‌ی وضعیت گمرک بندرعباس گفت: مشکل از گمرک بندرعباس نیست، مشکل از فرآیند وزارتخانه‌ها و بانک است. کل فرآیند ترخیص کالا و تخصیص ارز مشکل دارد. این فرآیند فسادزا و تورم‌زا است و منافع جمعی را از بین می‌برد. همین فرآیند خطرناک است و یک نمونه از خطر آن را در بندرعباس دیدیم.