نخستین شناسنامه امام خمینی در تاریخ ۲۰ بهمن ۱۳۰۴ از حوزه ۲ شهرستان خمین صادر شده است. بعد از پیروزی انقلاب اسلامی مقرر گردید، شناسنامههای کلیه اتباع ایرانی تعویض و شناسنامه های جدید با آرم جمهوری اسلامی جایگزین شود. این طرح در سال ۱۳۶۶ به معرض اجرا گذاشته شد.
تاسیس ثبت احوال در ایران در جلسه مورخه ۳۰ آذر ماه سال ۱۲۹۷ هجری شمسی به تصویب هیات وزیران رسید و اولین شناسنامه در همان سال در تهران صادر شد، پیش از آن وقایع حیاتی از جمله تولد و فوت بر اساس سنت و اعتقادات مذهبی کشور در پشت جلد کتب مذهبی از جمله قرآن ثبت می شد.
پس از تولد امام خمینی (س) در تاریخ بیستم جمادی الثانی سال ۱۳۲۰ هجری قمری، مطابق با یکم مهر ماه سال ۱۲۸۱ هجری شمسی نام ایشان در پشت جلد قرآن چرمی به نام «روح الله» پس از نام نورالدین برادر بزرگتر ایشان ثبت شد.
امام خمینی (س) در دوران حیات خود دو شناسنامه داشتند، که یکی در زمان صدور اولین شناسنامه ها در ایران برایشان صادر شده بود، و دیگری را پس از پیروزی انقلاب اسلامی و با تصویب طرح تغییر شناسنامه ها دریافت کردند.
نام خانوادگی نیز از روش هایی از جمله محل تولد و زندگی، تالیفات مهم بزرگان، القاب برای صاحب منصبان و ... انتخاب می شد.
مطابق با ماده چهارم قانون سجل احوال افرادی که از یک نسل بودند می توانستند نام خانوادگی یکسانی انتخاب کنند، اما ظاهرا لطفعلیخان بختیاری، مأمور اداره سجل احوال، که پس از صدور برگههای هویت در محلات، عازم خمین شده بود، این نام خانوادگی را که متناسب با نام پدر خانواده (مصطفی) انتخاب شده بود برای هر سه برادر یعنی سیدمرتضی، سیدنورالدین و سیدروح الله نمی پذیرد، به همین خاطر سیدمرتضی نام خانوادگی خود و برادر کوچکترش را هندی، و نام خانوادگی روح الله را مصطفوی ثبت می کند. که با شروع جنگ جهانی دوم به علت شبهه وابستگی به انگلیس ها نام خانوادگی برادر بزرگتر به «پسندیده» تغییر می کند، اما سیدنورالدین حاضر به تغییر نام خانوادگی خود نمی شود.
سیدروح الله نیز علی رغم این که نام خانوادگی مصطفوی را در شناسنامه خود به ثبت رساند در امضا و معرفی خود از آن استفاده نمی کرد و مانند پدر و پدربزرگ خود نام «موسوی» را به کار می برد، و با افزوده شدن نام شهر محل تولدش به نام روح الله الموسوی الخمینی شهرت یافت. برای کسب اطلاعات بیشتر مقاله جماران درباره پدر و پدربزرگ امام خمینی را مطالعه کنید.
فرم درخواست تعویض شناسنامه
زمان: ۲۰ اردیبهشت ۱۳۶۶/ ۱۱ رمضان ۱۴۰۷
مکان: تهران، جماران
موضوع: تعویض شناسنامه [سازمان ثبت احوال کشور
طرح تعویض شناسنامه
شماره و تاریخ تحویل مدارک: ۲۰/ ۲/ ۱۳۶۶
تاریخ تحویل: ۲۳/ ۲/ ۱۳۶۶
شماره مسلسل فیش بانکى: ۱۵۲/ الف/ ۳۴۰۵۰۰
درخواستکننده: سید روح اللَّه مصطفوى
امضا یا اثر انگشت درخواستکننده: روح اللَّه الموسوی الخمینى
نام و نام خانوادگى و امضاى مأمور: على اکبر رحمانى]
(صحیفه امام، ج۲۰، ص: ۲۶۱)
پس از اجرای قانون صدور شناسنامه در سال ۱۳۰۴ نخستین شناسنامه ایشان با شماره ۲۷۴۴، به ثبت رسید که در سال ۱۳۶۶ با اجرای قانون جایگزینی شناسنامه های جدید ایشان پس از درخواست تعویض، شناسنامه خود را با همان شماره دریافت کردند.
صفحه دوم شناسنامه امام خمینی
تصویری از صفحه دوم شناسنامه جدید امام که پس از پیروزی انقلاب منتشر شده است، در دسترس نیست.