به گزارش خبر فوری، اولین بار در کودکی در فیلم کوتاه فیل و فنجان ایفای نقش کرد. بعد از ایفای نقش در چند فیلم دیگر او در دوران سربازی در جنگ عکاسی می‌کرد و حتی نمایشگاهی نیز در پادگان دایر کرد.تا جایی که به پیشنهاد یکی از مسئولان به عنوان مستندساز به جبهه می‌رود و فیلم‌هایی از جنگ تهیه می‌کند.
سال‌ها بعد، در سال 1373 اولین فیلم خود را ساخت. این فیلم بادکنک سفید به نویسندگی عباس کیارستمی بود و برای شبکه دو ساخته شد. با وجود اینکه این فیلم در ایران مورد توجه قرار نگرفت اما جوایز دوربین طلایی فیلم کن فرانسه، هنر و تجربه فیلم کن فرانسه، جایزه انجمن منتقدان بین المللی کن، جایزه بزرگ توکیو ژاپن و جایزه فیلم سائو پائولو را از آن خود کرد.
مسافر جنوب، آینه، دایره، جمعه، طلای سرخ، جمعه، کافه ترانزیت، حکم، آفساید، کشتیزاری‌های سفید، اوریون، پرده، این یک فیلم نیست، تاکسی مستند، سه رخ فیلم‌هایی هستند که پناهی در آن‌ها کارگردان، تهیه کننده، نویسنده، بازیگر و تدوینگری را تجربه کرده است.
در دهه هشتاد مشکل محرومیت و ممنوعیت زنان برای ورود به ورزشگاه به اعتراض‌های پراکنده و گاه و بیگاهی ختم می‌شد و این جعفر پناهی بود که با «آفساید» ورود زنان به ورزشگاه‌ها را به مطالبه‌ای جدی و عمومی تبدیل کرد و به همین دلیل این فیلم هرگز مجوز رفتن روی پرده را نگرفت. اما با اینکه آن روز‌ها از فضای مجازی خبری نبود، سی دی آفساید در معابر عمومی، به ویژه میدان انقلاب به قیمت ۲۰۰۰ تومان فروخته می‌شد. آفساید روایتگر شرح حال دخترانی است که حاضرند هر کاری انجام دهند تا بازی ایران-بحرین را برای ورود ایران به جام جهانی ببینند تا جای کسانی را که در بازی ایران-ژاپن جان خود را از دست داده‌اند خالی نباشد.
این کارگردان در طول سال‌های فعالیت هنری جایزه‌های بسیاری گرفته است که جایزه دوربین زرین جشنواره کن ۱۹۹۵ برای «بادکنک سفید»، خرس نقره‌ای جشنواره فیلم برلین ۲۰۱۳ برای نویسندگی «پرده»، جایزه آسیا پاسیفیک برای «گُل»، خرس طلایی جشنواره فیلم برلین ۲۰۱۵ برای «تاکسی»، جایزه بهترین فیلم‌نامه جشنواره فیلم کن ۲۰۱۸ برای «سه رخ»، نامزدی در آکادمی اسکار با «این فیلم نیست» از جمله جوایز قابل توجه جعفر پناهی به شمار می‌روند.
اختصاص خرس طلایی برای «تاکسی» با ممنوع الخروجی جعفر پناهی همزمان بود و به همین دلیل تصویر خواهرزاده جعفر پناهی روی استیج جشنواره برلین برای گرفتن جایزه فیلم «تاکسی» موجب شد، ممنوع الخروجی کسی که برنده خرس طلایی جشنواره کن بود، به عنوان اتفاقی تلخ و عجیب در سرتاسر دنیا بازتاب گسترده‌ای داشته باشد.
جعفر پناهی از جمله چهره‌هایی است که در قبال اتفاق‌ها واکنش نشان می‌دهد و دقیقاً به همین دلیل بار‌ها دادگاهی، بازجویی و زندانی شده است که می‌توان به شرایطی که او بعد از انتخابات ۸۸ با آن مواجه شد، اشاره کرد. در روز‌هایی که کشور به دلیل اعتراض به روند رای گیری دچار تنش بود، مراسمی برای گرامیداشت جانباختگان آن حادثه برگزار شد که پناهی و تنی چند از چهره‌های دیگر در آن شرکت کردند که بازداشت شدند و در روز ۴ خرداد ۱۳۸۹ به دستور بازپرس و تایید دادستان عمومی و انقلاب تهران با تودیع وثیقه ۲۰۰ میلیون تومانی از زندان آزاد شد. البته او به اتهام «اجتماع و تبانی و تبلیغ علیه نظام جمهوری اسلامی» به ۶ سال حبس تعزیری و ۲۰ سال محرومیت از فیلم‌سازی، ۲۰ سال محرومیت از فیلم‌نامه‌نویسی، ۲۰ سال محرومیت از سفر به خارج از ایران و ۲۰ سال ممنوعیت از هر نوع مصاحبه با رسانه‌ها و مطبوعات داخلی و خارجی محکوم شد تا یکی از سنگین‌ترین احکام قضایی برای این کارگردان شناخته شده، صادر شود تا این موضوع بازتاب گسترده‌ای در مجامع بین المللی هنری داشته باشد.
به طوری که تیری فره مو مدیر هنری جشنواره بین‌المللی فیلم کن در یک کنفرانس مطبوعاتی که به منظور حمایت از پناهی و محمد رسول‌اف در سینماتک پاریس برگزار شد، اعلام کرد که امسال جایزه ویژه «مربی طلا» کن را به پناهی تقدیم می‌کنند. همچنین پناهی که برای پیگیری وضعیت محمد رسول‌اف و مصطفی آل‌احمد به دادسرای اوین رفته بود، ۲۰ تیر ۱۴۰۱ در همان‌جا بازداشت و به بند ۸، سالن ۷، زندان اوین منتقل شد.
او به همراه محمد رسول اف از زندان بیانیه‌ای با این مضمون صادر کرد: «ما فیلمسازیم. ما عضو سینمای مستقل ایرانیم. زیستن را در آفرینش آثار می‌دانیم. آثاری که سفارش پذیر نیست. از این رو نزد صاحبان قدرت مجرمیم. سینمای مستقل تصویرگر روزگار خود است. از جامعه الهام می‌گیرد و نمی‌تواند نسبت به آن بی‌تفاوت باشد. تاریخ سینمای ایران گواه حضور موثر و مستمر فیلمسازان مستقل است که با کوشش‌های خود سانسور را به عقب رانده و حیات این هنر – صنعت را قوام بخشیدند. در این راه بسیاری ممنوع الکار شدند. برخی ناچار به مهاجرت ناخواسته و عده‌ای به گوشه‌ی انزوا رانده شدند. با این همه امید دوباره ساختن دلیل بودن است. فیلمساز مستقل در هر شرایط، زمان و مکان در حال ساختن و یا به فکر ساختن فیلم است. ما فیلم سازیم. مستقل.»
امروز او دومین کارگردان ایرانی است که توانسته جایزه نخل طلایی جشنواره کن را برای فیلم یک تصادف ساده در جشنواره کن ۲۰۲۵ به دست آورد. پناهی تیر ۱۴۰۱ در تهران برای اجرای حکم زندان خود دستگیر و زندانی شد. او ۱۴ بهمن ۱۴۰۱ با قرار وثیقه، موقتاً آزاد شد و بالاخره در سال ۱۴۰۲ خبر رفع ممنوع‌الخروجی جعفر پناهی اعلام شد. او بعد از ممنوع الخروجی ایران را به مقصد فرانسه ترک کرد.
همسر او طاهره سعیدی است و این زوج دو فرزند دارند.