شهردار قم پس از حدود ۱۰ سال فعالیت در این سمت، استعفای خود به وزارت کشور ارسال کرد.
در بیانیه‌ای که روابط عمومی شهرداری قم روز یکشنبه نسخه‌ای از آن را در اختیار ایرنا قرار داد، آمده‌است: به دنبال حواشی اخیر و با عنایت به عدم وجود زمینه‌های تداوم فعالیت دکتر سید مرتضی سقائیان‌نژاد در مجموعه شهرداری قم، استعفای ایشان به صورت مستقیم به وزارت کشور ارسال شد.
بیانیه حاکیست: تصمیم‌گیری در خصوص قبول استعفا و یا تداوم مسئولیت دکتر سقائیان‌نژاد در شهرداری قم، به‌صورت مستقیم توسط وزیر محترم کشور جناب آقای دکتر اسکندر مومنی به‌عنوان مقام صادرکننده احکام مسئولیت شهرداران کلان‌شهرهای کشور اتخاذ خواهد شد.
گفتنی است سقائیان نژاد در روز ۱۳ خرداد ۱۳۹۴ توسط اعضای شورای اسلامی شهر قم با ۱۹ رای موافق، به عنوان شهردار قم انتخاب شد.