به گزارش پایگاه خبری ساعدنیوز، در تاریخ 3 مرداد 1388 خورشیدی، مشایی در نامه‌ای به احمدی‌نژاد، رسماً استعفای خود را اعلام کرد. احمدی‌نژاد بلافاصله پس از این رویداد، غلامحسین محسنی اژه‌ای وزیر اطلاعات وقت و یکی از اصلی‌ترین مخالفان مشایی را عزل کرد.
رهبر معظم انقلاب اسلامی در تاریخ 27 تیر ماه 1388 نامه ای خطاب به محمود احمدی نژاد رئیس جمهور وقت نوشتند:
متن کامل این نامه بدین شرح است:
بسمه تعالی
جناب آقای دکتر احمدی نژاد، ریاست محترم جمهوری اسلامی ایران
با سلام و تحیت
انتصاب جناب آقای اسفندیار رحیم مشایی به معاونت رئیس جمهور بر خلاف مصلحت جنابعالی و دولت و موجب اختلاف و سرخوردگی میان علاقمندان به شما است.
لازم است انتصاب مزبور ملغی و کان‌لم‌یکن اعلام گردد.
سیدعلی خامنه‌ای
27 /4/ 88